医疗卫生是中南合作的重要优先领域，中南建交15年来合作成果丰硕。中国援建完成了朱巴教学医院改扩建项目（一期）以及位于伦拜克的基尔·马亚尔迪特妇女医院，提供了多批医疗设备、物资和药品，改善了南苏丹医疗卫生基础设施和民生福祉。目前，援南朱巴教学医院改扩建项目（二期）正在建设，预计2027年1月可交付使用。

    上世纪70年年代初，中国就在苏丹南部朱巴、瓦乌、马拉卡勒等地区开展医疗救治活动。南苏丹独立次年，中方即派出首批援南医疗队，至目前共派遣13批中国医疗专家，在南累计诊治逾10万名患者，其中抢救危重病人3万余人次，开展手术1500多台。新冠疫情期间，中国是首个向南提供抗疫物资援助并派遣抗疫专家组的国家。2022年开始，中南启动对口医院合作，为南培训医护人员，将医疗服务逐渐向南基层覆盖延伸。

    中南在教育文化领域合作互动频繁。2024年11月，援南广电设施项目正式移交南方；成功实施援南教育技术合作一期、二期项目，上百万册精心编制的中小学教材漂洋过海运抵朱巴，920多名教师前往中国接受培训，近15万名南苏丹学生从中受益。自2012年起，中国政府援建多所中小学,连续向南提供能力建设培训和政府奖学金项目，超过5000名南苏丹官员、技术人员、学生等赴华参加培训和留学，为南建立人才队伍，提升自主发展能力。同时，还在朱巴大学设立了中国文化中心，汉语教学及诸多文化活动增进了两国人民的交流，得到了南政府和广大师生的肯定和好评。